В 1936 г. произошло изменение системы управления тарифами. Тарифный комитет был упразднён, а право установления тарифов было передано Совнаркому. Совнарком в свою очередь поручил тарифную работу Народному комиссариату путей сообщения, который был обязан разрабатывать тарифы, обосновывать их и представлять их Совету народных комиссаров для утверждения.
Реформа 1939 года: тарифы стимулирующие и дестимулирующие
С 1 апреля 1939 г. общий уровень железнодорожных тарифов был повышен на 46,3% (Крейнин А.В. Транспортные тарифы в СССР — М.: Транспорт, 1978).
«В результате, — пишет С.Ф. Кучурин, — железнодорожный транспорт превратился из дефицитной в высокорентабельную отрасль народного хозяйства. Прибыль по грузовым перевозкам составила в 1939 г. 24,3% и в 1940 г. 23,4% к расходам эксплуатации». Повышение коснулось всех грузов, но в разной степени. На массовые индустриальные грузы (каменный уголь, руду, лес, торф, дрова строительные материалы и др.) тарифы повысились в меньшей степени, чем на т.н. товары народного потребления».
Наряду с общим повышением тарифов была радикально перестроена структура всех действующих тарифных схем.
Например, с целью дестимулирования сверхдальних перевозок, тарифные ставки были построены так, чтобы при перевозке на средние расстояния и расстояния т.н. нормальной дальности повышение тарифа было относительно невысоким, а при перевозке на расстояние, превышающее «нормальное», тарифы увеличивались более высокими темпами.
Для борьбы с нерациональными короткопробежными перевозками было предусмотрено повышение тарифных ставок на короткие расстояния, а плата за перевозку исчислялась таким образом, чтобы при перевозке менее, чем на 50 км, тариф взимался за 50 км.
Вместе с тем, для стимулирования развития местных топливных баз и создания продовольственных баз вблизи крупных промышленных центров был установлен ряд специальных пониженных тарифов в местном сообщении. Например, для улучшения снабжения продуктами животноводства жителей крупных городов, были снижены на 50% тарифы на перевозки масла, яиц, сыра на расстояния до 150 км в районах Москвы, Ленинграда, Киева, Харькова, Баку, Тбилиси, Свердловска, Горького и ещё некоторых городов.
Для борьбы со встречными перевозками были установлены повышенные на 25% исключительные тарифы на перевозку чёрных металлов с юга на Урал; на перевозку леса и дров по дорогам Восточно-Сибирской, Забайкальской и Амурской в направлении на восток с повышением на 50%, на перевозку цемента из Европейской части в Сибирь — на 25%.
В 1939 г. для стимулирования отправок отправительскими маршрутами к такому механизму, как премия грузоотправителю, добавилась скидка за маршрутизацию в размере 5% от общего тарифа (Вольфсон Л.Я., Ледовский В.И., Шильников Н.С. Экономика транспорта. — М.: Трансжелдориздат, 1941).
В целях стимулирования развития смешанных железнодорожно-водных перевозок, наряду с ранее существовавшими навигационными тарифами, были установлены специальные тарифы на перевозку нефти и нефтепродуктов от пристаней Волги, Оки и Камы, лежащих выше Куйбышева (сегодня — Самара), со скидкой в размере 30%, а от пристаней Куйбышева и ниже — со скидкой 10%.
Для стимулирования перевозок ряда грузов водными путями, в частности, кавказской нефти по Волге и Чёрному морю, зерновых грузов по Волге, Днепру, Каме, а также соли по Иртышу, — на перевозки этих грузов в прямом железнодорожном сообщении был установлен повышенный тариф.
Если в тарифной системе 1931 г. в качестве основного был принят тариф для мелких отправок, а повагонные тарифы были установлены лишь для основных массовых грузов, то после реформы 1939 г. повагонные тарифы были установлены в качестве основных для всех без исключения грузов. Это создавало стимулы к максимальному использованию грузоподъёмности вагона.