Фадеев всегда резко выступал и выступает против любых поползновений к приватизации железнодорожной отрасли. Своей главной заслугой он считает сохранение железных дорог в государственной собственности.
«Я убеждён в том, что любое государство, тем более Россия, должно иметь три сильные жизнеобеспечивающие системы. Первая — это боеспособная армия. Вторая — энергетика. И третья — транспортная система, для которой все технические средства производятся в своей стране и обслуживаются только своими специалистами», — говорил он в одном из своих позднейших интервью.Слухи о скорой отставке с поста главы РЖД сопровождали Фадеева чуть ли не со дня его назначения на новую должность. Причины назывались самые разнообразные — и «преклонный» возраст (всего 68 лет, по нынешним временам время рассвета любого государственного деятеля), и то, что Фадееву на пятки наступал назначенный его замом по финансам Владимир Якунин.
Фадеева сняли с должности в сентябре 2005 года, формально он ушёл из монополии по собственному желанию. Пока Фадеев является последним главой железнодорожной монополии, который имеет базовое профильное образование и опыт работы в отрасли.
Уход Фадеева из РЖД случился вскоре после подписания между РЖД и германским концерном Siemens соглашения о разработке и производстве 60 электропоездов со скоростью движения 300 км/ч. Сумма контракта оценивалась в 1,5 млрд евро. Производство должно было быть локализовано при партнёрстве ТМХ и немецкого концерна на совместном
предприятии в России.
После отставки Фадеева новое руководство монополии решило поменять условия сделки. Закупалось всего 6 поездов, при этом общая цена контракта снижалась до 600 млн евро. О производстве будущих «Сапсанов» на отечественных предприятиях речи более не шло.
Российский «Сапсан» так и не родился. В отличие от отечественной «Ласточки», которая сначала была локализована на СП того же Siemens и «Синары», а с введением западных санкций и бегства немцев из России уже полностью русифицирована.